Sertifikasi organik diperlukan sebagai penjamin bahwa suatu produk telah diproduksi sesuai standar sistem pertanian organik serta divalidasi oleh lembaga sertifikasi organik yang telah terakreditasi.
Untuk mendapatkan sertifikasi tidaklah mudah. Hal ini juga berlaku bagi produk padi organik. Sebab, proses penilaian dimulai dari awal sampai akhir masa tanam. Sertifikasi tidak dilakukan on – farm saja, tetapi juga proses penanamannya. Penanaman padi organik juga tidak hanya sebatas pemakaian pupuk saja. Sistem irigasinya pun tidak boleh bergabung dengan irigasi persawahan lain yang masih menggunakan pupuk non-organik serta pestisida.
Semua produk yang telah mendapatkan sertifikasi organik wajib mencantumkan logo organik dilengkapi dengan nomor registrasi yang dikeluarkan oleh lembaga sertfikasi organik.
Sertifikat beras organik tersebut berlaku selama 3 tahun. Namun, setiap tahunnya diadakan pengecekan. Apabila sertifikat tersebut ingin diperpanjang, maka produsen harus melakukan pendaftaran ulang (resertifikasi).